Действительно, на следующее утро Мусаси не явился на место схватки к назначенному часу. В дом Кобаяси отправили гонца. Мусаси с трудом добудились. Он встал, выпил воду из тазика для умывания и сел в лодку. Пока Сато Окинага грёб к месту дуэли, Мусаси подвязал бумажными лентами рукава кимоно и выстрогал подобие меча из запасного весла. Проделав это, он прилёг отдохнуть.
Лодка причалила к берегу. Кодзиро и его секунданты были поражены видом Мусаси. С растрёпаными волосами, кое как перехваченными полотенцем, он выскочил из лодки и, размахивая обрубком весла, бросился к противнику. Кодзиро обнажил меч, изумительный клинок известного мастера – и отбросил ножны. «Тебе они больше не понадобятся», - сказал Мусаси, указав на ножы, и устремился вперёд. Кодзиро сделал выпад. Мусаси рванулся в сторону и опустил подобие деревянного меча на голову врага. Когда Кодзиро падал, его меч задел полотенце на голове Мусаси и рассёк пояс его широких штанов. Поняв, что с противником покончено, Мусаси поклонился онемевшим секундантам и, сверкая задницей, направился к лодке. Некоторые источники утверждают, что, убив Кодзиро, Мусаси отбросил импровизированный мечи из весла, сделал несколько резвых прыжков, выхватил боевые мечи и с криком замахал ими над поверженным противником. Примерно с этого времени Мусаси перестал использовать в поединках настоящие клинки. Он сделался непобедимым, и с этого момента посвятил себя поискам совершенного понимания Пути меча.
В 1614 и 1615 годах мастеру пришлось снова испытать себя в боевых условиях. Сёгун Тоугава Иэясу осадил замок Осака, где собрались поднявшие мятеж сторонники семьи Асикага. Мусаси присоединился к войскам Токугавы в зимнюю и летнюю кампанию, но сражался теперь против тех, за кого бился в молодости в битве при Сэки-га-Хара.
Согласно его собственным писаниям, Мусаси пришёл к пониманию стратегии боя, когда ему было пятьдесят или пятьдесят один, в 1634 году. Он вместе со своим учеником и приёмным сыном Йори, беспризорником, подобранным во время путешествия в провинции Дэва, осел наконец-то в Огуре. С тех пор Мусаси больше не покидал остров Кюсю. В те времена замком Кумамото, центром провинции Хиго, владела семья Хосукава. Князем провинции Бунзен был Огасавара. Йори пошёл на службу к Огасавара Тададзане и в качестве капитана армии Тададзане сражался с христианами во время восстания Симавары в 1638 году, когда Мусаси было около пятидесяти пяти лет. Князья южных провинций всегда стояли против власти сёгуна Токугава и выступали зачинщиками интриг с иностранцами и японцами-христианами. Мусаси находился в составе военного совета в битве при Симавары, где была учинена бойня над христианами. После этого Иэясу Токугава закрыл японские порты для иноземцев, и это положение просуществовало более двух веков. После шести лет жизни в Огуре Мусаси был приглашён к Тюри, владельцу замка Кумамото, родственнику Хосакавы.
Он провёл у князя несколько лет, занимаясь живописью и обучением самураев, влиятельного феодала, искусству боя. В 1643 году мастер меча стал отшельником, удалившись в пещеру под названием «Рейгендо». Там он написал книгу «Го Рин Но Сё» («Книга пяти колец»), посвящённую любимому ученику Тэруо Нобуюки. Через несколько дней после окончания труда, 19 мая 1645 года, Мусаси умер. Мусаси известен в Японии как «Кенсей», то есть «Святой Меча». Его книга «Го Рин Но Сё» стоит в начале любой библиографии по Кендо, являясь уникальной книгой, освещающей как вопросы стратегии военных действий, так и методы одиночного поединка.