Весной и в начале лета комиссары Конвента на юге (и особенно Огюстен Робеспьер, под прямым влиянием Бонапарта) подготовляли вторжение в Пьемонт, в северную Италию, чтобы оттуда угрожать Австрии. Комитет общественного спасения колебался, Карно был тогда против этого плана. Влияя через Огюстена Робеспьера, Бонапарт мог надеяться на осуществление этой своей мечты: принять участие в завоевании Италии. Самая мысль была в тот момент еще необычной для французского правительства: идея защищаться от интервенции не обороной от контрреволюционной Европы, а прямым нападением на Европу, казалась еще слишком дерзкой. Планам Бонапарта не суждено было осуществиться в 1794 г. Внезапная, абсолютно не предвиденная им политическая катастрофа перевернула все вверх дном.

Чтобы поддержать лично перед своим братом и перед Комитетом общественного спасения план итальянского похода, Огюстен Робеспьер отправился в Париж. Наступило лето, нужно было решить этот вопрос. Бонапарт находился в Ницце, куда он вернулся из Генуи, выполнив секретное поручение, данное ему в связи с затевающимся походом. И вдруг из Парижа грянуло известие, которого не ждала не только далекая южная провинция, но не ждала и сама столица: пришла поразительная весть об аресте в день 9 термидора, на самом заседании Конвента, Максимилиана Робеспьера, его брата Огюстена,Сен-Жюста, Кутона, затем, попозже, их приверженцев и казни их всех на другой день без суда в силу простого объявления их вне закона. Немедленно по всей Франции начались аресты лиц, особенно близких или казавшихся близкими к главным деятелям павшего правительства. Генерал Бонапарт после казни Огюстена Робеспьера сразу оказался под ударом. Не прошло и двух недель после 9 термидора (27 июля), как он был арестован (10 августа 1794 г.) и препровожден под конвоем в антибский форт на Средиземноморском побережье. После заключения, продолжавшегося 14 дней, Бонапарт был выпущен: в его бумагах не нашлось ничего, что бы дало повод к преследованию.

Правда, в эти дни термидорианского террора погибло много людей, в той или иной степени близких к Робеспьеру или робеспьеристам, и Бонапарт мог почитать себя счастливым, что избежал гильотины. Во всяком случае по выходе из тюрьмы он сразу убедился, что времена переменились и что его счастливо начатая карьера приостановилась. Новые люди относились к нему подозрительно, да и знали его еще очень мало. Взятие Тулона не успело еще создать ему большой военной репутации. «Бонапарт? Что такое — Бонапарт? Где он служил? Никто этого не знает», — так реагировал отец молодого поручика Жюно, когда тот сообщил ему, что генерал Бонапарт хочет взять его к себе в адъютанты. Тулонский подвиг уже был забыт и во всяком случае расценивался уже не так высоко, как в первый момент после события.

А тут еще подвернулась новая неприятность. Неожиданно термидорианский Комитет общественного спасения приказал ему ехать в Вандею на усмирение мятежников, и когда генерал Бонапарт прибыл в Париж, то узнал, что ему дают командование пехотной бригадой, тогда как он был артиллеристом и не хотел служить в пехоте.