С самого ареста Моро и Пишегрю и после ряда других арестов, связанных с заговором, Наполеон был в состоянии почти постоянной ярости. Рука англичан была для него очевидна; не менее ясна была и руководящая роль Бурбонов. Он уже знал, что англичане перевезли и высадили в конце лета 1803 г. Жоржа Кадудаля во Франции, что он приехал с английскими деньгами и с инструкциями Карла Артуа, что он в Париже и каждый день может произвести покушение один или с целой группой товарищей. В гневе Наполеон сказал однажды, что напрасно Бурбоны думают, что он не может им лично воздать по заслугам за эти попытки его убить. Этот возглас услышал Талейран и, чтобы выслужиться и вместе с тем чтобы безопасно для себя лично отомстить ненавидевшим его роялистам, сказал: «Бурбоны, очевидно, думают, что ваша кровь не так драгоценна, как их собственная». Это привело Наполеона в полное бешенство. Тут-то и было впервые .произнесено имя герцога Энгиенского. Взбешенный Наполеон наскоро собрал совет из нескольких лиц, и этот совет (в котором были Фуше и Талейран) решил арестовать герцога Энгиенского. Было два затруднения: во-первых, герцог жил не во Франции, а в Бадене, во-вторых, он решительно никак не был связан с открывавшимся заговором. Но первое препятствие для Наполеона существенным не было: он распоряжался уже тогда в западной и южной Германии, как у себя дома. А второе препятствие тоже значения не имело, так как он уже наперед решил судить герцога военным судом, который за доказательствами гнаться особенно не будет. Приказ был послан немедленно.

Герцог Энгиенский жил в г. Эттенгейме, в Бадене, не подозревая о страшной грозе, собравшейся над его головой. В ночь с 14 на 15 марта 1804 г. отряд французской конной жандармерии вторгся на территорию Бадена, вошел в г. Эггенгейм, окружил дом, арестовал герцога Энгиенского и увез его немедленно во Францию. Баденские министры были довольны, по-видимому, уже тем, что и их самих не увезли вместе с герцогом, и никто из баденских властей не подавал признаков жизни, пока происходила вся эта операция. 20 марта герцог уже был привезен в Париж и заключен в Венсенский замок. Вечером 20 марта собрался в Венсенском замке военный суд. Герцога Энгиенского обвинили в том, что он получал деньги от Англии и воевал против Франции. В три часа ночи без четверти он был приговорен к смертной казни. Он написал письмо Наполеону и просил передать это письмо по адресу. Председатель военного суда Юлен (один из героев взятия Бастилии) хотел от имени суда написать Наполеону ходатайство о смягчении приговора, но генерал Савари, специально посланный из Тюильрийского дворца, чтобы следить за процессом, вырвал у Юлена перо из рук и заявил: «Ваше дело кончено, остальное уже мое дело». В три часа ночи герцог Энгиенский был выведен в Венсенский ров и здесь расстрелян.

Когда Наполеон прочел последнее письмо к нему герцога Энгиенского, написанное перед казнью, он сказал, что если бы прочел его раньше, то помиловал бы осужденного. Он был очень мрачен и задумчив весь день, и с ним не смели заговаривать. Он потом утверждал, что был совершенно прав, казня герцога, что этого требовали государственные интересы, что Бурбонам нужно было дать острастку.