Эрцгерцог Карл был отброшен за Дунай, понеся тяжкие потери. Затем маршал Ланн, завершая маневр, приступом взял Регенсбург. Наполеон, руководивший осадой, в разгаре боя был ранен в ногу. С императора сняли сапог, сделали наскоро перевязку, и он сейчас же велел посадить себя на лошадь и строго воспретил говорить о своей ране, чтобы не смутить солдат. Въезжая во взятый Регенсбург, он, улыбаясь, отдавал честь приветствовавшим его полкам, скрывая страшную боль. Эти бои под Экмюлем и Регенсбургом стоили австрийцам еще около 50 тысяч человек убитыми, ранеными, пленными, пропавшими без вести. В пять дней Наполеон выиграл пять кровопролитных битв.

Перейдя через Дунай и продолжая преследовать отступавшего Карла, Наполеон нагнал его в Эберсберге и здесь снова разбил его и отбросил. Наполеон при этом сжег город, причем часть населения (австрийцы утверждали, что половина населения) сгорела живьем. «Mы шли по месиву из жареного человеческого мяса», - говорит о прохождении французской кавалерии через развалины Эберсберга генерал Савари, герцог Ровиго. В этой покрывавшей улицы каше даже вязли копыта лошадей. Это произошло 3 мая. 8 мая Наполеон уже снова, как в 1805 г., ночевал во дворце австрийского императора в Шенбрунне, а 13 мая бургомистр Вены поднес императору ключи от австрийской столицы. Кампания, казалось, идет к быстрому концу. Но Карл, спасая армию, успел перебросить ее через венские мосты на левый берег Дуная, после чего сейчас же сжег мосты.

Наполеон решился на необычайно трудную операцию. Примерно в половине километра от венского (правого)берега на Дунае начинается отмель, ведущая к острову Лобау. Наполеон решил навести понтонный мост до этой отмели, переправить туда главные силы своей армии, поредевшей от битв и от оставления гарнизонов по пути, а затем уже без труда переправиться с этого острова через узенький рукав реки, отделяющий Лобау от левого (северного) берега Дуная. 17 мая переправа на Лобау совершилась. Затем Наполеон велел навести понтонный мост через узкий рукав, с острова на левый берег. Первым переправился корпус Ланна, вторым - корпус Массена. Оба маршала заняли две близлежавшие деревушки, Асперн и Эсслинг. И тут-то уже перешедшие корпуса и двигавшиеся за ними другие части французской армии подверглись нападению эрцгерцога Карла, разгорелась яростная битва, и, когда Ланн с кавалерией бросился рубить отступавших в полном порядке австрийцев, вдруг подломился мост, соединявший правый (венский) берег с островом, и французская армия внезапно лишилась непрерывно до той минуты подвозимых снарядов. Наполеон велел Ланну немедленно отступить. Отступление совершалось с боем, с большими потерями. Во время боя в маршала Ланна попало ядро, раздробившее и почти оторвавшее обе ноги. Он умер на руках Наполеона, на глазах которого во второй раз увидели слезы. Французская армия ушла обратно на Лобау, и сколько бы Наполеон ни утешал себя тем, что французы потеряли в этой битве всего 10 тысяч человек (а на самом деле гораздо больше), эрцгерцог Карл - 35 тысяч (на самом деле около 27 тысяч), но факт поражения и отступления был на этот раз налицо. Это произошло 21 и 22 мая.