Даже знаменитая его команда перед началом одного сражения с мамелюками: «Ослов и ученых на середину!» - означала именно желание обезопасить прежде всего наряду с драгоценнейшими в походе вьючными животными также и представителей науки; несколько неожиданное сопоставление слов получилось исключительно вследствие обычного военного лаконизма и необходимой краткости командной фразы. Нужно сказать, что в истории египтологии поход Бонапарта сыграл колоссальную роль. С ним приехали ученые, которые впервые, можно сказать, открыли для науки эту древнейшую страну человеческой цивилизации.

Еще до сирийского похода Бонапарту многократно приходилось убеждаться, что арабы далеко не все восхищены тем «освобождением от тирании мамелюков», о котором постоянно говорил в своих воззваниях французский завоеватель. Французы имели достаточно продовольствия, установив правильно действующую, но тяжкую для населения машину реквизиций и налогового обложения. Но звонкой монеты было найдено меньше. Для добывания ее служили другие средства.

Оставленный Бонапартом в качестве генерал-губернатора Александрии генерал Клебер арестовал прежнего шейха этого города и большого богача Сиди-Мохаммеда Эль-Кораима по обвинению в государственной измене, хотя и не имел к тому никаких доказательств. Эль-Кораим был под конвоем отправлен в Каир, где ему и заявили, что если он желает спасти свою голову, то должен отдать 300 тысяч франков золотом. Эль-Кораим оказался на свою беду фаталистом: «Если мне суждено умереть теперь, то ничто меня не спасет и я отдам, значит, свои пиастры без пользы; если мне не суждено умереть, то зачем же мне их отдавать?» Генерал Бонапарт приказал отрубить ему голову и провезти ее по всем улицам Каира с надписью: «Так будут наказаны все изменники и клятвопреступники». Денег, спрятанных казненным шейхом, так и не нашли, несмотря на все поиски. Зато несколько богатых арабов отдали все, что у них потребовали, и в ближайшее после казни Эль-Кораима время было собрано таким путем около 4 миллионов франков, которые и поступили в казначейство французской армии. С людьми попроще обращались и подавно без особых церемоний.

В конце октября 1798 г. дело дошло до попытки восстания в самом Каире. Несколько человек из оккупационной армии подверглось открытому нападению и было убито, и в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах. Усмирение было беспощадное. Кроме массы перебитых арабов и феллахов при самом подавлении восстания, уже после усмирения несколько дней подряд происходили казни; казнили от 12 до 30 человек в день.

Каирское восстание имело отголосок и в соседних селениях. Генерал Бонапарт, узнав о первом же из этих восстаний, приказал своему адъютанту Круазье отправиться туда, окружить все племя, перебить всех без исключения мужчин, а женщин и детей привести в Каир, самые же дома, где жило это племя, сжечь. Это было исполнено в точности.