Еще 17 мая 1809 г., т. е. до этой битвы, появился декрет Наполеона, объявлявший, что г. Рим и все владения папы вообще отныне присоединяются к Французской империи. «Дано нами, в нашем императорском лагере в Вене. Наполеон». Так кончался этот декрет, отнимавший у римских пап то владение, которое, по знаменитому, хотя и подложному документу, сфабрикованному папами в средних веках, римский император Константин еще в начале IV в. будто бы «подарил» папе Сильвестру I.

Теперь же, после декрета, французы 10 июня окончательно заняли Рим, и папство лишилось всего, чем владело около полуторы тысяч лет. Папа был взят под стражу и увезен в Савону, на юг Франции.

Расправившись с папой, Наполеон приступил к последним военным приготовлениям. 2, 3 и 4 июля император перевел новые корпуса на остров Лобау и туда же велел перевезти больше 550 артиллерийских орудий. 5 июля Наполеон приказал начать переправу с острова Лобау на левый берег. Кроме прежней, пополненной армии, у него был теперь и еще подтянутый из Италии корпус Макдональда. Битва началась 5 июля 1809 г., и началась не так, как ждал эрцгерцог Карл, и не там, где можно было с большим вероятием ее ждать. У Наполеона было твердое правило: не делать того, чего может ждать враг. У французов было около 550-560 пушек, у австрийцев - несколько больше 500. Артиллерия с обеих сторон была прекрасно снабжена снарядами. Переправа массы войск через Дунай была совершена исключительно организованно. Битва была необычайно жестокой, и 5-го, а особенно 6 июля были моменты, опасные для Наполеона. Он находился в центре боя; маршалы Даву, Макдональд, Массена, начальник артиллерии генерал Друо действовали с такой отчетливостью, как редко бывает в таких колоссальных боях. После страшной канонады «колонна Макдональда», 26 батальонов в «каре», сторона которого равнялась тысяче метров, неся огромные потери, прорывает центр австрийской армии. За ней следуют резервы. Далее, на севере маршал Даву, направленный императором на село Ваграм, расположенное на высотах, с боем вошел в село, и вся австрийская армия была вслед за тем разгромлена. К вечеру 6 июля 1809 г. все было кончено. Австрийцы были отброшены. Не все бежали врассыпную, часть их сохранила строй. Конечно, разгром, который потерпела австрийская армия под Ваграмом, был ужасающим, не меньше, чем под Аустерлицем. Австрийцы потеряли в этот второй день убитыми, ранеными и пленными около 37 тысяч человек. Но и французские потери были велики, хотя и меньше, чем потери побежденных. В этом смысле победа была куплена дорого. В течение почти всей следующей недели продолжалось преследование разбитой австрийской армии. Наполеон двигался вслед за кавалерией, добивавшей отдельные австрийские части. Когда 11 июля он вступил в г. Цнайм, ему доложили, что у него испрашивает аудиенции князь Лихтенштейн, только что приехавший генерал-адъютант императора Франца. Франц просил о перемирии. Наполеон согласился, но на очень тяжких условиях: все те части Австрии, куда проник к моменту перемирия хоть небольшой отряд французов, очищаются немедленно австрийцами и остаются в залог в руках французов, пока не будет заключен окончательный мир. Лихтенштейн согласился на все условия.