Бегство остатков прусской армии происходило в еще большем смятении. Французы продолжали преследование и собирали по пути громадные обозы с провиантом, экипажи, лошадей, артиллерию, вполне годную к употреблению, - все, что беглецы бросали по дороге. Наполеон шел прямо на Берлин. По пути он приказал занять герцогство Гессен-Кассель, объявил тамошнюю династию, низложенной, занял Брауншвейг, занял Веймар и Эрфурт, Наумбург, Галле, Виттенберг. Князь Гогенлоэ уходил от него на север, собрав под своей командой около 20 тысяч солдат разных корпусов, почти безоружных, деморализованных, не повинующихся офицерам.

Убегая на север, армия с каждым днем уменьшалась в числе - за нею гнался Мюрат с кавалерией. За Пренцлау, на дороге в Штеттин, Гогенлоэ был окружен со всех сторон и должен был капитулировать. За несколько дней до того маршалу Ланну без сопротивления по первому требованию сдалась сильная крепость Шпандау с огромными военными припасами, а спустя несколько дней после сдачи Гогенлоэ генерал Ласаль во главе гусар подошел к Штеттину, грозной крепости с прекрасной артиллерией и большим гарнизоном (больше 6 тысяч человек), причем съестных припасов в крепости было в изобилии. Могучая твердыня, защищаемая обильной артиллерией, без единого выстрела сдалась по первому требованию гусарскому генералу, при котором не было ни одной пушки. Паника, самая беспросветная, как-то сразу и повсеместно овладела генералитетом, офицерами, солдатами погибающих остатков прусской армии. От хваленой дисциплины не осталось и следа, прусские солдаты тысячами шли сдаваться французам. Но и генералы и офицеры проявили такой упадок духа, который даже их победителям казался чем-то совсем небывалым. Как будто это были не те люди, которые всего за две недели до этого так гордо и самоуверенно собирались покончить с Наполеоном.

27 октября 1806 г., через 19 дней после начала войны и через 13 дней после битвы при Иене и Ауэрштедте, Наполеон в сопровождении четырех маршалов, конных гренадер и гвардейских егерей торжественно въехал в Берлин. Бургомистр города сдал Наполеону ключи от столицы и просил пощадить Берлин. Наполеон приказал, чтобы магазины были открыты и чтобы жизнь шла нормально. Население встречало императора боязливо, с почтительными поклонами и оказывало беспрекословное подчинение.

Водворившись в Берлине, Наполеон прежде всего стал уничтожать последние остатки разбежавшейся во все стороны прусской армии. Оставался, собственно, еще только отряд генерала Блюхера, наиболее энергичного из прусских военачальников. Блюхеру удалось собрать около 20 тысяч солдат и офицеров из разбежавшихся и разгромленных частей, и с ними он бежал к северу, преследуемый маршалами Бернадоттом, Сультом и Мюратом. Он вошел в Любек. Дальше была датская граница, но Дания, панически боявшаяся Наполеона, категорически воспретила Блюхеру перейти границу. Да это и не спасло бы, потому что маршалы немедленно перешли бы границу вслед за ним. 7 ноября маршалы вошли в Любек и тут, на улицах города, напали на отряд Блюхера.