Но Бонапарту и Талейрану не очень много пришлось и трудиться, чтобы убедить Директорию дать деньги, солдат и флот для этого далекого и опасного предприятия. Во-первых (и это самое важное), Директория по указанным уже общим экономическим и особенно военно-политическим причинам тоже видела пользу и смысл в этом завоевании, а во-вторых (это было несравненно менее существенно), кое-кто из директоров (например, Баррас) мог и в самом деле усмотреть в затеваемой далекой и опасной экспедиции некоторую пользу именно от того, что она такая далекая и такая опасная... Внезапная колоссальная и шумная популярность Бонапарта уже давно их тревожила; что он «разучился повиноваться», это Директория знала лучше, чем кто-либо другой: ведь Бонапарт заключил Кампо-Формийский мир в таком виде, как он захотел, и вопреки некоторым прямым желаниям Директории. На чествовании его 10 декабря 1797 г. он вел себя не как молодой воин, с волнением благодарности принимающий похвалу от отечества, а как древнеримский император, которому подобострастный сенат устраивает триумф после удачной войны: он был холоден, почти угрюм, неразговорчив, принимал все происходившее как нечто должное и обыденное. Словом, все его ухватки тоже наталкивали на беспокойные размышления. Пусть едет в Египет: вернется - хорошо, не вернется - что же, Баррас и его товарищи уже наперед были готовы безропотно перенести эту утрату. Экспедиция была решена. Главнокомандующим был назначен генерал Бонапарт. Это случилось 5 марта 1798 г.
Немедленно началась самая кипучая деятельность главнокомандующего по подготовке экспедиции, по осмотру кораблей, по отбору солдат для экспедиционного корпуса. Тут еще больше, чем в начале итальянской кампании, обнаружилась способность Наполеона, затевая самые грандиозные и труднейшие предприятия, зорко следить за всеми мелочами и при этом нисколько в них не путаться и не теряться - одновременно видеть и деревья, и лес, и чуть ли не каждый сук на каждом дереве. Инспектируя берега и флот, формируя свой экспедиционный корпус, внимательно следя за всеми колебаниями мировой политики и за всеми слухами о передвижении эскадры Нельсона, которая могла потопить его во время переезда, а пока крейсировала у французских берегов, - Бонапарт в то же время чуть не поодиночке отбирал для Египта солдат, с которыми воевал в Италии. Он знал громадное количество солдат индивидуально; его исключительная память всегда и впоследствии поражала окружающих. Он знал, что этот солдат храбр и стоек, но пьяница, а вот этот очень умен и сообразителен, но быстро утомляется, потому что болен грыжей. Он не только впоследствии хорошо выбирал маршалов, но он хорошо выбирал и капралов и удачно отбирал рядовых солдат там, где это нужно было. А для египетского похода, для войны под палящим солнцем, при 50° и больше жары, для перехода по раскаленным необъятным песчаным пустыням без воды и тени нужны были именно отборные по выносливости люди. 19 мая 1798 г. все было готово: флот Бонапарта отплыл из Тулона. Около 350 больших и малых судов и барок, на которых разместилась армия в 30 тысяч человек с артиллерией, должны были пройти вдоль почти все Средиземное море и избежать встречи с эскадрой Нельсона, которая расстреляла бы и потопила их.