Эти 6000 человек должны послужить для охраны указанных промежуточных станций или этапных пунктов, а затем последовать за армией, когда она пройдет их.

Успех штурма Александрии, победы у Шубрахита и пирамид, благоприятное настроение улемов, которые устранили самое большое препятствие — религиозный фанатизм, позволяли надеяться в определенный момент, что Мурад и Ибрагим-бей подчинятся. Но уничтожение эскадры привело к двоякому результату: оно помешало мамлюкам подчиниться и позволило противнику установить тесную блокаду побережья. Прекратились сношения с Францией, откуда ожидали второй конвой с 6000 солдат, уже взятых на суда в Тулоне, равно как и большое количество обмундирования, вооружения и т. д. Наконец, гибель эскадры заставила императора объявить войну республике.

После битвы у Седимана и восстания в Каире снова имели место переговоры с Мурад- и Ибрагим-беем; они были склонны подчиниться и служить под французскими знаменами; но они получили известие о том, что Порта намерена ввести в бой две армии. Они решили дождаться исхода этого предприятия. Обе армии насчитывали по 50000 человек; одна формировалась на Родосе, другая в Сирии; они должны были выступить одновременно в июне 1799 г. Первая должна была высадиться в Дамиетте или Абукире; вторая — перейти через пустыню от Газы до Салихии и двигаться на Каир. В то же время должны были начать действовать мамлюки, арабы и партизаны. В первые дни января 1799 г. стало известно, что из Константинополя в Яффу доставлено 40 пушек и 200 зарядных ящиков. Их обслуживали полторы тысячи канониров, обученных французскими офицерами. В Яффе, Рамле, Газе были созданы большие запасы сухарей, пороха, бурдюков для перехода через пустыню. Авангард Джеззар-паши численностью в 4000 человек прибыл в Аль-Ариш. Один из его генералов — Абдаллах — находился в Газе с другими 8000 солдат; он дожидался подхода 10000 человек из Дамаска, 8000 из Иерусалима, 10000 из Алеппо и такого же количества из провинции Ирак. На Родосе было уже сосредоточено 8000 человек. Ожидали еще 10000 албанцев, 9000 янычар из Константинополя, 15000 из Малой Азии, 8000 из Греции; турецкая эскадра и транспорты готовились к выходу из Константинополя.

Страх перед этим вторжением повернул вспять развитие общественной мысли в Египте; больше ничего нельзя было сделать. Если бы к родосской армии присоединилась английская дивизия, это вторжение стало бы чрезвычайно опасным. Наполеон решил взять инициативу в свои руки, самому перейти через пустыню, громить сирийскую армию по мере подхода различных дивизий, овладеть всеми складами и крепостями (Аль-Ариш, Газа, Яффа, Акра), вооружить христиан Сирии, поднять восстание друзов и маронитов, а затем действовать сообразно обстоятельствам.