Армия поздравила себя с этим счастливым событием, которое казалось и счастливым предзнаменованием. Назавтра они вернули 12 солдат, взятых ими в плен, представили 80 лошадей и сотню верблюдов. Остальных они обещали сдать в ближайшие дни.
Между тем эскадра все еще не входила в порт, оставаясь в открытом море. Турецкие лоцманы отказались провести в порт 74-пушечные линейные корабли и тем более 80-пушечные. Капитану Баррэ было поручено проверить фарватеры и произвести промер глубин. Однако поскольку корабли эскадры были загромождены большим количеством артиллерии и прочего армейского имущества, адмирал пожелал стать на якорь на абукирском рейде, чтобы освободиться от него и облегчить корабли. Он указывал на то, что под парусами на это потребуется неделя, а на якорной стоянке он сделает все за 3 дня. Между тем 13 июля капитан Баррэ представил свой рапорт. Он заявил, что эскадра может входить без всяких опасений. Наполеон немедленно послал адмиралу соответствующий приказ. Но рапорт капитана Баррэ подвергся критике. Адмирал собрал своих контр-адмиралов и капитанов 1 ранга. Этот военно-морской совет решил, что необходима проверка. Между тем главнокомандующий покинул Александрию и направился в Каир. Отбывая, он послал адмиралу повторный приказ войти в порт Александрии; если же это будет признано невозможным, он должен идти на Корфу и получить там приказ французского посланника в Константинополе; если же такого приказа не оказалось бы, ему надлежало идти в Тулон и взять там под свою охрану готовившийся к выходу в море конвой, на котором находилось 6000 человек, отставших от своих полков по причине болезни или отпуска, в связи с быстротой и секретностью движения войск к Тулону.
Генерал Клебер, нуждавшийся в отдыхе для лечения своей раны, был оставлен в Александрии в качестве коменданта города и провинции, с гарнизоном в 8000-9000 человек. Полковник Кретэн, один из лучших офицеров инженерных войск, получил инструкцию относительно фортификационных сооружений крепости. Имелось много препятствий; он преодолел их все и за несколько месяцев соорудил форты на трех господствующих высотах; в этой работе он применил все секреты своего искусства. Марабут, Фарос и подступы к портам были защищены батареями 36-фунтовых пушек и дальнобойных мортир. С тех пор всякий раз, как англичане пытались к ним приблизиться, им приходилось в этом раскаиваться.
III. Армия двинулась на Каир. Она состояла из шести дивизий под командой генералов Дезэ, Ренье, Бона, Дюгуа и Виаля; резерва в 2600 человек под командой генерала Мюрата и двух бригад спешенной кавалерии численностью в 1500 человек каждая, под командой бригадных генералов Зайончека и Андреосси. Пешая и конная артиллерия состояла из 42 пушек, 4 кузниц, 6 запасных лафетов, 50 зарядных ящиков, запряженных 500 лошадей или мулов; остальные боеприпасы были навьючены на мулов.