Главнокомандующий, чрезвычайно недовольный и раздосадованный этой диспозицией, принятой адмиралом, тут же направил своего адъютанта капитана Жюльена с приказанием явиться на борт «Ориана» и не покидать этот корабль, пока он не увидит всю эскадру на якоре в старом порту; он написал адмиралу, что за 20 дней у того было время установить, может ли его эскадра войти в старый порт или не может; почему же тогда он не вошел туда? Или же почему он, в соответствии с данным ему приказом, не отплыл на Корфу или в Тулон? Он повторяет свой приказ не оставаться на этой плохой позиции и немедленно поднять якоря; Абукир — открытый рейд, поскольку правое крыло не прикрывается там сушей; его аргументация была бы убедительной, если бы ему угрожало нападение эскадры равной с ним силы; но маневры английского адмирала за последний месяц достаточно ясно показывают, что он ожидает подкреплений из-под Кадикса и что как только подкрепление присоединиться к нему, он появится перед Абукиром с 18, 20 или 25 линейными кораблями; нужно избегать всякого боя на море и возлагать надежды только на старый порт Александрии. У Аль-Кама на капитана Жюльена напал отряд арабов; судно, на котором он находился, было ограблено, а сам бравый офицер — зарезан, защищая свои депеши. Впрочем, он мог бы прибыть на место только на следующий день после катастрофы, которую был призван предупредить.

Все донесения из Александрии содержали жалобы на эскадру; в ней не было дисциплины, матросов отпускали на берег и на пляж, порты Александрии и Розетты были загромождены корабельными шлюпками; на судах прекратились учения, никогда не объявлялась тревога; в море не был выслан легкий отряд или даже хоть один фрегат; каждый день на горизонте появлялись подозрительные суда, причем за ними не посылалось погони; служба была поставлена таким образом, что каждую минуту эскадру могли захватить врасплох. Главнокомандующий послал адмиралу письмо, в котором выразил свое недовольство такими упущениями; он не мог себе представить, почему тот не воспользуется защитою от нападения, которую предоставлял старый порт Александрии; остров, к которому примыкала слева линия судов, поставленных на шпринг, был бесполезен, коль скоро на нем не установили штук тридцать. орудий; следовало поставить там двенадцать 36-фунтовых железных пушек, четыре 16-фунтовых или 18-фунтовых бронзовых, с решеткою для каления ядер, и семь или восемь мортир системы Лагомер — только тогда левое крыло оказалось бы действительно в безопасности; для него остаются непонятными причины, побудившие адмирала оставить в Александрийском порту два 64-пушечных корабля; эти два корабля — новые, прекрасно построены, имеют значительно менее глубокую осадку, чем 74-пушечные, их можно было, с выгодою для себя, поставить между крайним левым кораблем линии и островом; эти корабли следовало предпочесть «Конкерану» — старому судну, давно предназначенному на слом, который в Тулоне вооружили только 18-фунтовыми пушками; линию судов, стоявших на шпринге, можно было также усилить в целом одним фрегатом на каждый линейный корабль (у адмирала было всего одиннадцать); венецианские фрегаты были очень хороши и своими размерами и шириной превосходили французские 44-пушечные фрегаты; они были способны нести 24-фунтовые орудия, имели меньшую осадку, что было неудобством в смысле замедления хода, но зато являлось преимуществом, когда корабли стояли линией на шпринге; наконец, в конвое имелись шесть бомбард, десять канонерских лодок.