Статья III. Сегодня, в 10 часов утра, французские офицеры явятся к великому магистру, чтобы получить у него приказы комендантам различных портов и укреплений, которые должны быть переданы французам. Их будут сопровождать мальтийские офицеры. Офицеров будет столько, сколько будет передано фортов.
Статья IV. Такие же меры, как означенные выше, будут приняты в отношении фортов и укреплений, подлежащих передаче французам завтра, 13 июня.
Статья V. Одновременно с передачей фортификационных сооружений будет осуществлена передача артиллерии, складов и документов инженерных войск.
Статья VI. Находящиеся на острове войска Мальтийского ордена смогут оставаться в занимаемых ими казармах впредь до иного распоряжения.
Статья VII. Адмирал, командующий французским флотом, назначит офицера, который примет сегодня корабли, галеры, суда, склады и прочее имущество военно-морского флота Мальтийского ордена».
Обнародование этого соглашения о капитуляции успокоило умы, положило конец мятежу и восстановило порядок. Наполеон написал епископу Мальты, чтобы успокоить священников, которые были сильно встревожены:
IX. 12-го, в 8 часов утра, порты и форты Мальты были переданы французским войскам. Было объявлено, что назавтра прибудет главнокомандующий. Но в час пополудни он высадился инкогнито, обошел крепостные стены, побывал во всех фортах и явился с визитом к великому магистру, чем сильно его озадачил. 13-го на рассвете эскадра вошла в порт. Это было великолепное зрелище. Триста судов встали на якорь без всякого беспорядка. В этом прекрасном порту могло разместиться втрое большее число судов.