Они уже два месяца стояли лагерем к югу от Гизы, и Дезэ использовал это время, чтобы подготовить их к кампании. Кавалеристы были посажены на арабских коней, столь же хороших, как кони мамлюков, и добытых ремонтерами либо в бою, но эта кавалерия не была многочисленной. Пополнение конницы производилось с трудом, страна еще не вполне подчинилась. Ряд ученых и художников пожелали следовать за Дезэ. Исполнение их просьб было сопряжено с двойным неудобством: пришлось бы подвергнуть опасностям войны ценных людей и замедлить ход военных действий. Один только Денон получил разрешение последовать в качестве добровольца за главной квартирой дивизии.

Для завоевания Верхнего Египта Дезэ понадобилось пять месяцев: сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь, январь. 2 февраля он овладел Асуаном. Он употребил еще пять месяцев на подавление восстаний и закрепление своих завоеваний. Проведенная им кампания делится на шесть периодов. Первый продолжался сто дней; наиболее важным военным событием этого периода было сражение у Седимана, результатом его явилось завоевание провинций Бени-Суэйф и Файюм. Второй занял пятьдесят дней декабря и января; бои у Сауаки и Тахты — единственные военные события этого периода, в течение которого были завоеваны провинции Миния, Асьют и Гирга. Третий продолжался тридцать дней января и февраля 1799 г.; наиболее важным событием этого периода был бой у Самхуда; будучи изгнаны из долины, потеряв все, мамлюки искали убежища в оазисах, в области Барабра — за порогами и в пустынях Фиваиды; трехцветное знамя развевалось теперь над всем Египтом. Четвертый охватывает сорок дней февраля и марта 1799 г.; Мурад-бей, Эльфи-бей, Хасан-бей, Хасан из Ямбо, пользуясь походом армии в Сирию, возвращаются в долину, идут на Каир, намереваясь соединиться там и одним ударом отвоевать Верхний и Нижний Египет; они терпят неудачу в этом предприятии; важными военными событиями являются уничтожение части французской флотилии Верхнего Египта и бой у Коптоса. В пятый период остатки войск шерифов Ямбо опустошают провинции Асьют и Гирга; их преследуют. Шестой охватывает май и июнь; Верхний Египет полностью покорен; Мурад-бей и Эльфи-бей в сопровождении небольших отрядов блуждают в пустынях; бой у Бени-Адина влечет за собой гибель этого красивого поселка; Косейр занимается генералом Бельяром. Сирийская армия возвращается в Каир. Во всем Египте — Верхнем и Нижнем — царит полное спокойствие.

Инструкция, которую Наполеон дал генералу Дезэ в связи с проведением этой кампании, сводилась к следующему: идти на Мурад-бея, разбить его, воспользоваться поражением для того, чтобы преследовать его по пятам и отбросить за пороги и в оазисы; по мере продвижения вперед — укреплять в наиболее важных пунктах мечети, которые станут господствовать над Нилом, предохраняя судоходство.