Но, в конце концов, ничего не достигнув, они удалились за пределы досягаемости огня. Мурад-бей с 3000 всадников отошел на Гизу, по дороге в Верхний Египет. Остальные, очутившись позади каре, искали опоры в укрепленном лагере в тот момент,. когда его атаковала дивизия Бона. Генерал Рампон с двумя батальонами захватил ров и дамбу, прервав сообщение между Эмбабой и Гизой. Находившаяся в лагере кавалерия, атаки: которой были отбиты дивизией Бона, пыталась вернуться в Гизу. Но, остановленная Рампоном и поддерживавшей его дивизией Дюгуа, она заколебалась, стала метаться из стороны в сторону и, наконец, следуя естественному импульсу, пошла по линии наименьшего сопротивления и бросилась в Нил, где несколько тысяч человек утонуло. Ни один не смог достигнуть другого берега. Укрепленный лагерь не оказал никакого сопротивления. Пехота, видя разгром кавалерии, вышла из боя и стала переправляться через Нил на небольших баркасах или вплавь. Большая часть ее спустилась по левому берегу Нила и скрылась в открытой местности под покровом темноты. Пушки, верблюды, обоз попали в руки французов.

Мурад-бей произвел несколько атак в надежде восстановить связь со своим лагерем и облегчить отход находившимся в нем войскам. Все эти атаки не удались. К ночи он отступил и приказал поджечь флот. Нил тотчас же запылал. На этих судах находились сокровища Египта, которые погибли, к большому сожалению армии. Из 12 000 мамлюков только 3000 во главе с Мурад-беем отступили в Верхний Египет; 1200, которые оставались с Ибрагим-беем для обороны Каира, впоследствии отошли в Сирию; 7000 нашли свой конец в сражении, столь гибельном для этого храброго ополчения, которое никогда уже не поднялось вновь. Трупы мамлюков несколько дней спустя доставили весть о победе французской армии в Дамиетту, Розетту и деревни Нижнего Египта. В начале сражения Наполеон сказал своим войскам, указывая им на пирамиды: «Солдаты, сорок веков смотрят на вас». Увидев, что сражение проиграно, арабы по своему обыкновению удалились и рассеялись в пустыне.

Если бы французская флотилия смогла прибыть вовремя, удалось бы достигнуть более решительного успеха. Она взяла бы пленных и спасла бы часть грузов. Весь день она слышала канонаду с поля сражения. Северный ветер заглушал эти звуки. Но к вечеру, когда ветер стих, огонь пушек усилился, стало казаться, что артиллерийский огонь продолжается. Команды судов решили, что сражения проиграно. Их вывело из заблуждения только большое число турецких трупов, которые нес Нил.

Главная квартира прибыла в Гизу в 9 часов вечера.