Он оставил крейсировать перед Александрией три линейных корабля. Командиры сорока неаполитанских судов, входивших в состав конвоя, пожелали вернуться в Неаполь. Они вступили в переговоры с английской эскадрой. Им разрешили выйти из порта, но в момент выхода они были захвачены, выведены в море и сожжены; их экипажи были взяты в плен. Это событие имело наилучшие последствия для армии. Оно вызвало величайшее негодование генуэзцев и других матросов с берегов Италии, находившихся на судах конвоя; с этого времени они стали действовать заодно с армией и служили ей со всем усердием, на какое были способны.

После боя у Салихии главнокомандующий вступил в переговоры с Ибрагим-беем. Этот бей прекрасно понял, почему именно положение его было плачевным. Он находился в распоряжении Джеззар-паши, пользуясь репутацией владельца больших сокровищ. Со всех сторон ему грозила опасность. Ему было предложено сохранить за ним и всеми его мамлюками право собственности на все их деревни, а также на их дома, платить им жалованье за счет республики — беям, как генералам, киашифам, как полковникам, а его лично возвести в сан государя с соответствующими почестями. К этому предложению прислушались. Один из доверенных киашифов явился в Каир. Но через неделю после прибытия туда он получил отзывавшее его письмо Ибрагим-бея. Ибрагим писал ему: уничтожение эскадры изменило положение вещей; не имея более возможности получать подкрепления, будучи со всех сторон окружены врагами, французы кончат тем, что будут побеждены.

Через несколько дней после битвы у пирамид главнокомандующий написал Мурад-бею письмо и послал к нему негоцианта Розетти — ловкого человека, друга мамлюков и консула Венеции. Он сделал ему те же предложения, что и Ибрагим-бею. К этому он присовокупил пост губернатора одной из провинций Верхнего Египта — до того времени, когда удастся облечь его суверенной властью в Сирии. Мурад-бей, чрезвычайно высоко ставивший французскую армию, принял это предложение и заявил, что полагается во всем на великодушие французского полководца, нацию которого он знает и уважает; что сам он удалится в Исну и будет управлять долиной, от «двух гор» до Сиены с титулом эмира; что он считает себя подданным французской нации и предоставит в распоряжение главнокомандующего для использования по его усмотрению отряд в 800 мамлюков; что за ним и его мамлюками будет закреплено владение всеми принадлежащими, им деревнями и прочим имуществом и что он примет предложение относительно предоставления ему территории в Сирии, если главнокомандующий распространит на нее свою власть, но хочет лично договориться по этому вопросу с главнокомандующим, которого горячо желает видеть.