Плацдармы и параллели были не нужны, оказалось достаточным отрыть несколько ходов сообщения. В ночь с 5-го на 6-е артиллерия установила на трех батареях двадцать орудий; две батареи, предназначенные для ведения настильного огня, имели по четыре 8-фунтовые пушки и по две гаубицы; батарея, предназначенная для пробития бреши, состояла из четырех 12-фунтовых пушек и четырех гаубиц. Гарнизон предпринял две вылазки, прикрываясь огнем своей артиллерии и ружейным огнем, который велся через бойницы; но обе они имели лишь преходящий успех и были энергично отбиты. Эти вылазки представляли собой зрелище, не лишенное интереса. В них участвовали солдаты десяти различных национальностей, одетые каждый на свой манер; это были магрибинцы, албанцы, курды, анатолийцы, караманийцы, дамаскинцы, уроженцы Алеппо, чернокожие из Тэку. Среди пленных оказалось три албанца из гарнизона Аль-Ариша, которые сообщили, что весь этот гарнизон прибыл в Яффу, нарушив условия капитуляции и свою клятву.

6 марта каждая батарея дала залп из двух орудий, после чего генерал Бертье направил к коменданту Яффы парламентера, который сказал ему: «Господь милостив и милосерден. Главнокомандующий Бонапарт поручил мне передать вам, что Джеззар-паша начал военные действия против Египта, захватив форт Аль-Ариш; что бог, который стоит на страже справедливости, дал победу французской армии, и она взяла обратно этот форт; что именно в результате этой операции главнокомандующий вступил в Палестину, откуда он хочет изгнать войска Джеззар-паши, которому никогда не следовало входить туда; что крепость обложена со всех сторон; что батареи, предназначенные для ведения настильного огня и снабженные бомбами, а также батарея, предназначенная для пробития бреши, за два часа разрушат все оборонительные сооружения; что главнокомандующий Бонапарт жалеет о тех бедах, которые обрушатся на город в целом, если он будет взят штурмом; что он предлагает свободный выход гарнизону и покровительство городу, а потому откладывает открытие огня до 7 часов вечера». Офицер и трубач были приняты; но четверть часа спустя армия с ужасом увидела их головы, насаженные на пики, которые выставили на двух самых больших башнях, а трупы их — сброшенными со стен к подножью осадных батарей. Артиллерия открыла огонь; батарея, предназначенная для пробития бреши, разрушила часть кладки башни, которую обстреливала, брешь была признана пригодной для штурма; командир саперного батальона Лозовский с 25 карабинерами, 15 саперами и пятью рабочими артиллерии подготовил ложемент и расчистил пространство перед брешью. 22-й полк легкой пехоты стоял построенным в колонну за складкой местности, служившей плацдармом. Он ожидал сигнала, чтобы броситься к бреши. Главнокомандующий стоял на насыпи батареи, показывая жестом командиру этого полка полковнику Лежену маневр, который тому предстояло выполнить; в этот момент пуля сбила с него шляпу, прошла в трех дюймах от его головы и поразила насмерть полковника, рост которого равнялся 5 футам 10 дюймам.