II. Он посвятил в свое решение совершить переход в Европу контр-адмирала Гантома и приказал ему приготовить два фрегата — «Мюирон» и «Карэр» и две маленькие шебеки — «Реванж» и «Фортюн». Оба фрегата были венецианской постройки, и тоннаж их несколько превышал тоннаж французских 44-пушечных фрегатов. Этот небольшой отряд был снабжен трехмесячным запасом воды и четырехмесячным запасом продовольствия для экипажей и 400 пассажиров.
Пока в александрийском арсенале шли эти приготовления, главная квартира достигла Каира. Везир Мустафа прибыл туда несколькими днями раньше. При виде трофеев Абукирского сражения население Каира почувствовало удовлетворение. Наполеон чрезвычайно энергично заботился о всех нуждах армии. Он приказал закупить все имевшиеся каркассонские и ландресийские сукна любого цвета, ибо найти синие не представлялось возможным, и сам определил новые цвета мундиров каждого полка. Он внес в управление страной некоторые изменения, подсказанные опытом. Однако в ряде важных вопросов разбирались еще слишком плохо, чтобы можно было осуществить более значительные перемены. Трудности языкового характера и нежелание коптов давать разъяснения намного замедлили познание финансовых дел. Праздник пророка был отпразднован с торжеством, которое вызвало самую горячую признательность везира Мустафы и офицеров, плененных будь то в Абукире или в Сирии. На следующий день после этого праздника главнокомандующий отправил нескольких лучше всего настроенных из числа этих офицеров в Константинополь и Мекку. Их рассказы вызвали сенсацию, благоприятную для французов.
Комиссия наук и искусств ожидала подчинения Верхнего Египта, чтобы совершить туда путешествие. Господин Денон, сопровождавший главную квартиру Дезэ, вернулся. Зарисовки и заметки, находившиеся в его портфеле, возбудили дух соревнования в других ученых и художниках. Члены комиссии разместились на трех джермах, хорошо меблированных и вооруженных; они осмотрели, зарисовали и описали 'памятники Верхнего Египта. Они провели несколько месяцев в этом интересном путешествии, которого Европа дожидалась уже столько веков.
Контр-адмирал Гантом прислал донесение, датированное 13 августа, в котором говорилось, что все четыре судна будут готовы выйти в море 20-го; но что, однако, не следует надеяться на возможность сделать это с какими-либо шансами на успех до ноября месяца; тогда ветры станут дуть с юга, а длинные ночи будут благоприятствовать переходу. Но 19 августа, в 5 часов утра, в Каир прибыл дромадер с курьером генерала и доставил депешу, в которой говорилось, что, по счастливой случайности, английские корабли, крейсировавшие перед портом, неожиданно исчезли, оставив для наблюдения за ним только маленький бриг; что в результате этого 24-го в полдень его отряд станет на якорь вне фарватеров; что необходимо прибыть на побережье 24-го, до полудня, чтобы он смог выйти в море, и, воспользовавшись ветрами с суши, удалиться от берега.