Амирал тем охотнее подчинился этому приказу, что он согласовался с приобретенным им опытом и всем, что ему было известно об этих морях. Наконец, подул ветер равноденствия. В 3-4 дня отряд обогнул мыс Бон, делая по 13 узлов;, обогнув берег Африки, он пошел вдоль побережья Сардинии, затем вышел в открытое море, чтобы подойти к берегу в проливе Бонифачо, и следовал вдоль берега Корсики до мыса Кровавого — в заливе Аяччо. Не имея уверенности в том, что этот остров все еще за Францией, шебека «Фортюн» проникла в залив, снеслась с рыбаками и дала сигнал входа. Отряд бросил якорь 30 сентября в 2 часа пополудни. Пассажиры высадились на берег; непогода задержала их там на 7 дней.

Подробности событий, происшедших в 1799 г. и в особенности на протяжении июля, августа и сентября, показали, какие опасности угрожают родине. Жубер был убит на поле сражения у Нови. При вести о прибытии Наполеона главы общин острова поспешили в Аяччо. Главнокомандующий употребил свое влияние, чтобы примирить враждующие партии и успокоить разгоревшиеся страсти. 7 октября, когда отряд находился на полпути между Корсикой и Провансом, на него налетел сильнейший шквал (ветер Либеччо). Потом он стих. Восьмого вечером корабли находились в 8 лье от Тулона и быстро продвигались вперед, однако в густом тумане. Было установлено, что они находятся посреди эскадры — притом в непосредственной близости от кораблей ее — судя по пушечным выстрелам с них. Еще на Корсике стало известно, что эскадра Брюи вернулась в океан. Следовательно, теперь корабли находились посреди вражеской эскадры. В 7 часов произошло прояснение, длившееся не более минуты, но позволившее установить, что отряд находился всего лишь на расстоянии выстрела от 74-пушечных линейных кораблей; трудно было решить, как поступить. Адмирал, отличавшийся большой впечатлительностью, приказал повернуть на другой галс, чтобы вернуться к Корсике. «Что вы делаете? — сказал ему главнокомандующий. — Уходя, вы себя выдаете; идите, напротив, на врага». Это удалось, не возникло никаких подозрений. Несколько минут спустя завеса тумана снова приподнялась. Адмирал поступил мудро, захватив в Аяччо две фелуки — быстроходные суда с экипажами, состоявшими из матросов — местных уроженцев, хороших пловцов. Он хотел, чтобы пассажиры пересели на эти фелуки и отправились в Порто-Крос, куда они обязательно прибыли бы к ночи. Фрегаты же вернутся на Корсику. Однако это не встретило одобрения главнокомандующего, который приказал взять курс на Антиб. Несколько часов спустя стало ясно, что был найден правильный выход. Предупредительные пушечные выстрелы отдалились; вражеская эскадра, видимо, направлялась к Корсике. 9-го на рассвете отряд бросил якорь напротив Сан-Рафаэля, в заливе Фрежюс. После 45-дневного плавания он прибыл во Францию. Было замечено, что на протяжении всего плавания Наполеон всецело полагался на адмирала и никогда не выказывал беспокойства.