Порта не имела более ни одного организованного войскового соединения, если не считать семи или восьми тысяч янычар, составлявших арьергард Родосской армии, которые не успели прибыть в Абукир и находились в Дарданеллах. Великий везир, покинув Константинополь, переправился через Босфор и стал лагерем в Скутари с 4000 человек, составлявших его свиту. Ему нужно было много времени, чтобы собрать новую армию. Янычары Порты были не в силах бороться с французской армией. Несомненно, что в Египет могли прибыть европейские войска, которые высадились бы в Абукире или в Дамиетте, но с того момента, как вторая коалиция возобновила военные действия, Египет стал второстепенным объектом. В дальнейшем Англия стремилась отвоевать Египет в Милане, в Амстердаме или в Брюсселе, быть может, на равнинах Фландрии или Шампани.

Французская армия потеряла с 1 января 1799 г. в Сирии 700 человек, умерших в госпиталях, особенно от чумы, и 700 человек, убитых на полях сражений; кроме того, 200 человек, раненных в Сирии, умерли в госпиталях Египта. 650 человек было убито в Верхнем и Нижнем Египте на полях различных сражений или же умерли от ран (сюда входят и потери у Абукира); 400 человек умерло в госпиталях от болезней; следовательно, армия потеряла 2650 человек. Мы уже сказали, что на 1 января 1799 г. она насчитывала 29700 человек, значит, на 1 сентября 1799 г. оставалось 27050 человек, в том числе 400 старослужащих солдат, годных, однако, для несения гарнизонной службы в крепостях. Кавалерия насчитывала 3000 коней, могущих участвовать в кампании; артиллерия располагала весьма значительной материальной частью, способной обеспечить восполнение потерь, понесенных в нескольких кампаниях. Действовали арсеналы в Александрии и Газе; в госпиталях и лазаретах дело было поставлено не хуже, чем во Франции. Армия могла выставить на поле сражения 24000 человек, не считая вспомогательных отрядов численностью в 2000; 3050 человек были либо старослужащими, либо больными, либо нестроевиками, либо состояли в кадрах запасных частей. Экипажи Александрийской и Нильской флотилий сюда не включены.

Покидая Францию, главнокомандующий был облечен военной властью. Ему была предоставлена от правительства свобода действий как в отношении мальтийских дел, так и в отношении египетских и сирийских, равно как и константинопольских и индийских. Он имел право назначать на любые должности и даже избрать себе преемника, а самому вернуться во Францию тогда и так, как он пожелает. Он был снабжен необходимыми полномочиями (с соблюдением всех форм и приложением государственной печати) — для заключения договоров с Портой, Россией, различными индийскими государствами и африканскими владетелями. В дальнейшем его присутствие являлось столь же бесполезным на Востоке, сколь оно было необходимо на Западе; все говорило ему, что момент, назначенный судьбой, настал!!!