В разгаре этой работы Суворов получил извещение о назначении его на место князя Прозоровского командующим крымскими вооруженными силами.
Положение в Крыму в этот момент было очень острое. Турецкий флот крейсировал у берегов, явно готовилась высадка десанта. Надо было воспрепятствовать этому и одновременно избежать конфликта, который мог бы привести к нежелательной новой войне, Суворов оказался на высоте положения. Он в кратчайший срок выработал план обороны Крыма. Осмотрев побережье, он лично выбрал места для батарей и укреплений, указав и типы последних, иногда лично чертя планы и профили.
Вся система крымской обороны была запроектирована из 29 укреплений, включая сюда и реорганизованные, но имевшиеся ранее укрепленные пункты, и заново созданные по приказу Суворова (у Кашкоя, Аргина, Булзыка, Алушты, Шумы, Инкермана, Бахчисарая, Ядринека, Козлова и др.).
Помимо этой линии укреплений Суворов протянул вдоль побережья цепочку наблюдательных постов и наметил места для стоянок немногочисленных судов, имевшихся в его распоряжении. Когда турки захотели высадиться под предлогом недостатка питьевой воды, им было в этом вежливо, но твердо отказано. Начальники постов, разводя руками, ссылались на несуществававший карантин, при этом недвусмысленно клали руки на эфесы шпаг. Поняв, что без боя высадить десант не удастся, турецкий флот удалился в Константинополь. Система воздвигнутых на побережье укреплений принесла пользу и в другом отношении: в значительной мере именно она сорвала назревавшее в Крыму восстание. «Осаждение крепостями здешнего края воспрепятствовало мятежу», сообщил Суворов Румянцеву.
Вслед за тем Суворову было дано другое, не менее «деликатное» поручение. Русское правительство решило выселить из Крыма в приазовские области все христианское население. Тем самым хан Шагин-Гирей лишался подавляющей части налогоплательщиков и попадал в финансовую зависимость от России. При выполнении этого поручения Суворову приходилось считаться с резкой оппозицией хана, с жалобами и протестами самих выселяемых и, наконец, с неприязненным отношением Румянцева, не сочувствовавшего этой операции. Об обстановке, в которой протекало переселение, свидетельствует, например, тот факт, что «к двум ханским министрам, которые наиболее сему препятствовали, немедленно поставили перед домом крепкий караул с одною пушкою, до тех пор, пока они успокоились».