Вскоре узнали, что французская армия овладела уже Анконой, Лореттой, Мачератой и авангард ее находится на гребне Апеннин. «Французы не ходят, говорили прелаты, они бегают».
Между тем пленные офицеры и солдаты, отпущенные из Фаэнца и Анконы, распространяли во всех римских кварталах чувства доверия к армии, которыми они прониклись. Партия свободы подняла голову и открыто заявляла о себе в самом городе. Священная коллегия, не видя больше никакой надежды, решила перебраться в безопасное место. Были сделаны все приготовления для бегства в Неаполь.
Дворцовые экипажи были уже запряжены, когда генерал камальдульского ордена прибыл в Ватикан и припал к ногам святого отца. Проездом через Чезену Наполеон встретился с ним и, зная о доверии, которым этот монах пользуется у Пия VI, поручил ему отправиться к папе и заверить его, что Наполеон совсем не покушается на его жизнь, что он относится к нему с уважением и что папа может оставаться в Риме. Он должен только сменить свой кабинет и выслать в Толентино своих делегатов со всеми полномочиями на заключение и подписание окончательного мирного договора с республикой. Генерал камальдульцев с успехом выполнил свое поручение.
Папа успокоился, отставил незадачливого Буска, поставил во главе своего кабинета кардинала Дориа, уже давно известного умеренностью своих взглядов, отменил свой отъезд из Рима и назначил уполномоченных для ведения переговоров об окончательном мире и для подписания договора.
Инструкции Директории запрещали всякие переговоры с Римом. Директория считала, что надо положить конец светской власти папы и больше этим уже не заниматься, что нельзя найти другого случая, когда бы виновность Римского двора была более очевидна, и что было бы безумием надеяться на искренний мир с клерикалами, до такой степени враждебными принципам, на которых зиждилась республика. Без сомнения, светская власть папы была несовместима с благополучием Италии. Опыт показывал, что от этого двора не следует ждать ни умеренности, ни доброй воли. Но Наполеон считал, что нельзя ни революционизировать Рим, ни присоединить его к Транспаданской республике без наступления на Неаполь и свержения короля. В этом королевстве партия свободы была достаточно многочисленна, чтобы причинить некоторое беспокойство двору, но слишком слаба, чтобы быть опорой и оказать действительную помощь французской армии. Неаполитанский двор чувствовал, что революция в Риме повлечет его падение. Однако, чтобы наступать на Неаполь, надлежало иметь армию в 20 000–25 000 человек, а это совсем не совпадало с великим планом Наполеона продиктовать мир под Веной.