Войти в порт было затруднительно. Рейд был удален от берега и плохо защищен. Каждый год на нем происходило немало аварий. Ливорно занял место порта Пизы, расположенного в устье Арно главной тосканской реки. Это морской порт Флоренции, который очень часто посещается англичанами, построившими здесь склады для своих мануфактурных товаров, продуктов из Индии и колоний. Занятие Ливорно и разрушение фактории были очень чувствительны для лондонской торговли.
В Ливорно собрались корсиканские беженцы, прибывшие из Франции в числе 600 человек. Прервать сообщение с Корсикой было невозможно. Вглубь острова проникло множество агентов с воззваниями. Вице-король Эллиот не замедлил это почувствовать; произошел ряд восстаний. Беженцы были влиятельными лицами, а их близость и их письма возбуждали воинственных жителей гор. Последовали кровопролитные бои. Англичане каждый день теряли много людей и не имели достаточно сил, чтобы удержаться в стране. Можно было не опасаться того, что они будут тревожить итальянское побережье. Наконец, в октябре Джентили и масса корсиканских беженцев высадились на остров, подняли восстание и захватили его, изгнав англичан.
Спанокки, тосканский комендант Ливорно, был очень расположен к англичанам. Некоторые его поступки переполнили чашу терпения; он был арестован и отправлен во Флоренцию, где его передали в распоряжение великого герцога.
Французский консул Бельвилль взял в свое ведение все спорные дела об английских товарах. Несмотря на тучи жуликов, сбежавшихся из Марселя и Генуи, армейская казна Получила 12 миллионов.
Комендантом города был оставлен Вобуа с 2000 человек гарнизона, и все войска направились обратно через Апеннины и По на Адидже для соединения с армией.
Главнокомандующий по приглашению великого герцога отправился из Ливорно во Флоренцию. Он прибыл туда без всякого эскорта и остановился у французского посланника, где его ожидал гвардейский батальон, присланный герцогом в качестве почетного караула. Он остался очень доволен приемом великого герцога и с любопытством осматривал все, заслуживающее внимания в этой большой и старинной столице. Французские войска два раза проходили через великое герцогство, но вдали от Флоренции. Соблюдалась строжайшая дисциплина, и не было заявлено никаких жалоб. Тосканское правительство призналось, что англичане были больше хозяевами в Ливорно, чем оно само, и жаловались на заносчивость английского резидента.
Во время одного из обедов у великого герцога Наполеон получил известие о взятии миланского замка, капитулировавшего 29 июня. Громадные башни, остатки дворца Висконти, господствовали над местностью.