Эрцгерцог тотчас же по своем прибытии на Лан приказал генералу Петраш оттянуть девять батальонов из гарнизонов Мангейма и Филиппсбурга, атаковать генерала Шерба и захватить кельские и гюнингенские предмостные укрепления. Генерал Шерб был все еще в Брухзале. Bo-время узнав о событиях от перебежчиков, он 13 сентября перешел в отступление и отошел на Кель, еще полностью не восстановленный. Петраш последовал за ним и 18-го атаковал с вчетверо большими силами, но потерпел неудачу и потерял много людей. Этим успехом французы отчасти обязаны усердию, проявленному страсбургской национальной гвардией.

Моро был сильно встревожен боем, чуть не помешавшим его отступлению. Он почувствовал необходимость приблизиться к Рейну и начал свое отступление. Он переправился обратно через Лех в тот же самый день, когда Журдан перешел обратно за Рейн. 20-го он занял позицию за Шмуттер, 21-го — за Миндель, 22-го — за Гюнц. Он двигался тремя колоннами: Ферино командовал левой колонной, Сен-Сир — центральной и Дезэ — правой, считая по направлению отхода. Генерал Фрелих следовал за Ферино, Латур — за Сен-Сиром, генерал Науендорф шел по левому берегу Дуная, на одной линии с Дезе. Крепость Ульм, не имевшая никакого гарнизона, была, к счастью, занята отрядом Монришара на 24 часа раньше, чем генерал Науендорф подошел к ней. 24-го французская армия заняла позицию на Иллере, причем Ферино опирался на Мемминген и Дезе на Ульм. 25, 26 и 27-го она продолжала свое отступление. Дезе, следуя по левому берегу Дуная, направился на Эинген. Через 6 часов после того как он покинул Ульм, туда вошли австрийцы. 27-го армия прибыла на Федер-Зее. Там она узнала, что генерал Петраш занял все проходы Шварцвальда, а шварцвальдские города захвачены восставшими крестьянами. 28-го генерал Латур атаковал по всему фронту, но был повсюду отражен. Генерал Науендорф, до тех пор составлявший со своими войсками правый фланг австрийской армии, покинул этот участок фронта, двинулся на Тюбинген и соединился с Петрашем на ротвейльской позиции, заняв таким образом крупными силами долины Кинцига и Ренха, в то время как эрцгерцог Карл с корпусом в 12000 человек прибыл в селение Ренхен, выслав разъезды на Кинциг, около Келя. Генерал Латур, ослабленный вследствие этого, имел не свыше 25 000 человек и оказался под ударом. Однако он стоял лагерем в Швейнгаузене, и ему казалось, что нечего было опасаться. Генерал Моро чувствовал необходимость удалить его, чтобы получить возможность форсировать ущелья. 2 октября он энергично атаковал его в Биберахе. Австрийцы, пытавшиеся оказать сопротивление, были подавлены численным превосходством французов и обратились в бегство, оставив в руках победителя два знамени, несколько пушек и 4000–5000 пленных.

После этого сражения Моро продолжал отступление. Обозы, громоздкие вещи, раненые были направлены через шварцвальдские города на Гюнинген с прикрытием, достаточным, чтобы обеспечить их проход.