Хотя Бесс не представлял больше опасности для Александра, но продолжателями его планов явились Спитамен и другие представители туземной знати. Опираясь на бак-трийцев и согдийцев, а также на пограничные племена саков и массагетов, они организовали отчаянное сопротивление пришельцам. Это была настоящая партизанская война, в которой македонские войска не раз терпели поражения.
Из Мараканды Александр прежде всего предпринял поход на север, к реке Яксарту (теперь Сыр-Дарья). Эту реку греки и македоняне называли Танаисом (Доном).
Здесь отразилась та же самая путаница, что и раньше с «Кавказом». Если Гиндукуш казался тогда продолжением Кавказского хребта, то естественно, что крайняя северная река Туранской низменности (Сыр-Дарья) была Доном. Поэтому и племена саков и массагетов греческие писатели той эпохи называют скифами, смешивая их с европейскими скифами.
Уже этот первый поход показал, с какими трудностями придется бороться здесь Александру. Македонский отряд, отправившийся на фуражировку, был истреблен, после чего около 30 ООО «варваров» засели на крутой горе и оказали македонским войскам жестокое сопротивление. Несколько атак было ими отбито, причем македоняне понесли большие потери. Сам Александр получил легкую рану. В конце концов гора была взята и большинство ее защитников истреблено.
Но это было- только начало. На Яксарте существовало несколько маленьких крепостей, давно построенных персами для защиты границы от кочевников. Александр оставил в них гарнизоны. Но едва македонская армия удалилась, как гарнизоны были вырезаны. Пришлось снова вернуться. На Яксарте Александр основал город, назвав его, как всегда, своим именем: Александрия на Танаисе (или Александрия Крайняя, — теперь Ходженд). Это была самая отдаленная точка новой монархии на северо-востоке. Перенравившись через реку, Александр совершил короткий рейд в область саков.
Тем временем в тылу у него восстание охватило всю страну. Известную роль здесь играл не очень удачный проект Александра созвать представителей согдийской и бактрийской знати на торжественный съезд в Бактры. Пошли слухи, что этим съездом македонский царь хочет воспользоваться для того, чтобы истребить всю местную знать. Когда Александр находился на Яксарте, он получил известие, что Спитамеи осадил «го гарнизон в Маракан-дах. Александр послал на выручку отряд. Спитамен разыграл притворное отступление, а потом, внезапно появившись, нанес македонянам сокрушительное поражение на реке Политимете (теперь Заревшан). Александр должен был отправиться лично. Македоняне 'опустошили всю долину Заревшана, но Спитамен был неуловим.
6 Александр Македонский. — 1662.
Зиму 329/328 г. Александр провел в Бактрах, где и состоялся суд над Бессом, о чем мы говорили выше. Весной 328 г. македонские войска снова пошли в Согдиану, где продолжались волнения. Разделив свою армию на пять колонн, Александр стал систематически очищать страну от восставших. Но как только главные силы оставили Бактрию, там появился Спитамен с массагетами и осадил гарнизон в Бактрах.